Добрый день.
Цитата: Насколько я понимаю можно написать заявление на зачет этой суммы
Согласно п. 7 ст. 78 НК РФ заявление написать можно.
Согласно Письма от 06.02.2017 № ГД-4-8/2085@
можно зачесть только если
переплата НДФЛ, будет признана налогом, т.е первоначально нужно установить причину переплату, это может быть если налог НДФЛ был излишне удержан с доходов физического лица и перечислен в бюджет, либо из-за ошибки в платежном поручении.
Если перечисления налога были произведены ранее даты уплаты НДФЛ в бюджет, т.е за счет средств агента (организации), то эти суммы налогом не признаются, и такую ошибочно перечисленную сумму по реквизитам уплаты НДФЛ можно зачесть в счет погашения задолженности по налогам соответствующего вида (федеральные налоги), за исключением НДФЛ.
Так что сначала определяете причину, и только потом будет понимание куда делается зачет.
Цитата: но как после это отразить в 6-НДФЛ?
Если это налог по НДФЛ, то он фактически в 6-НДФЛ отражен, потому что там указываются суммы с дохода, которые должны перечислить, а не которые перечисляли.